案件背景
明代有一位内阁首辅朱国祯，是浙江乌程县（今属浙江湖州）人。他爱好著述，写了一部明史，起名叫《史概》。他死后，家道中落，后人将未出版的书稿列传部分卖给了同乡富户庄廷鑨。
传说庄廷鑨是个盲人，失明以后，因为想到司马迁“左丘失明，厥有国语”的说法，立志要写一本自己的历史，所以买到原稿之后，召集了许多文人来修改编辑，作成了一部《明书》。因为朱国祯去世较早，原书没有写天启、崇祯两朝（一说是没有写崇祯朝），庄廷鑨又补上了缺失的部分，包括南明小朝廷的内容。
这部书是建立在朱国祯的视角上，加上当时南方人心思明，所以书中提到清朝的部分有许多“碍语”。如提到清太祖努尔哈赤，按明朝官职称为“建州都督”；在与清朝作战的将领李如柏、李化龙、熊明遇的传记中，充满对忠臣义士壮志未酬的惋惜；称呼降清的将领孔有德、耿精忠为叛将；用南明的年号隆武、永历，而不用清朝年号。
书成不久，顺治十二年（1655年）庄廷鑨病死。其父庄允诚（按庄家排行为土字辈，应为庄允城，史书记载亦均为庄允城）于顺治十七年冬（1660年）将书刻成，即行刊书《明史辑略》（《明书辑略》）。刊刻时，为了显示书的权威性，还找了前礼部官员李令皙写序，并且写了江南名士茅元锡、吴之铭、陆圻、査继佐等十八人的名字，声称他们参与了书的编辑 。
案件经过
小人告发
顺治十八年（1661年），归安知县吴之荣因为一起贪腐案被罢职后，试图告发庄廷鑨反书作为功劳，好谋求复职（一说，是敲诈庄家不成怀恨在心）。吴之荣告到将军松魁处（一说，是陆圻、查继佐、范骧三人因为发现自己名字无端出现在这本书上而首告。至少陆圻确实报告给了湖州府学教授赵君宋），松魁转发给巡抚朱昌祚，巡抚转发给督学胡尚衡。这些人接受了庄允诚数千金的贿赂，拒不审理。庄允城将其中被告发的句子改掉后，继续刊刻发行。不料吴之荣见毫无动静，买到了初刊本，再度告发，事情越闹越大，最后惊动朝廷中的辅政大臣鳌拜等人。
多人牵连
当时康熙年幼尚未亲政，鳌拜责令刑部满官罗多等到湖州彻查，并严厉处置涉案的相关人士。吴之荣对南浔富人朱佑明怀恨在心，诬告序言中提到的“朱氏原稿”即朱佑明（实际是朱国祯），将朱佑明和他的五个儿子牵涉进来。其余列名参校者、初审官员等，和他们的家人都被查抄，江南名士损失惨重。
案件结局
康熙二年（1663年）五月，明史案终于结案。此案先后牵连千余人，妻子被发配东北沈阳附近的宁古塔者几百人。
凡作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死。被杀者共七十余人。其中庄廷鑨之弟庄廷钺、李令皙、茅元铭、蒋麟征、张寯、韦元介、潘柽章、吴炎、吴之镕、吴之铭等十四人凌迟处死；归安，乌程的两名学官处斩。湖州原任知府陈永命于康熙元年（1662年）罢官，至山东台儿庄，自缢于旅馆。棺材被运回杭州，开棺磔尸。其弟江甯县知县陈永赖，也同时被斩。归安县学新任训导王兆祯、推官李焕、湖州新任知府谭希闵（到任只半月）等人处绞。
刻字工汤达甫、印刷工李祥甫，书店老板王云蛟、陆德儒惨遭屠戮。
庄允诚被逮捕上京，后来不堪虐待死于狱中。据说吴之荣派人毒哑了他，防止他辩解。庄廷鑨被掘墓开棺焚骨，全族获罪。
作序者李令皙及其子李礽焘等4人、被认为提供原稿的朱佑明及其子朱念绍、朱彦绍、朱克绍和侄子朱绎先后被斩杀，妻子徐氏吞金自尽，李令皙的幼子十六岁，法司命他减供一岁，得免死充军。少年不肯，最后一并处斩；董二酉当时已死，尸体被从棺材中挖出，肢解成36块，子董与沂，也被诛杀。
湖州府学教授赵君宋本是告发者之一，亦以“私藏逆书久不上缴”罪名被处斩。苏州浒墅关主事李继白因买书被杀。
杭州将军松奎，浙江巡抚朱昌祚以下所有官员，革职查办，撺掇松奎收贿的程维藩被诛。学政胡尚衡、松江提督梁化凤、守道张武烈等人以重金行贿得免。
列名参校的范骧、查继佐、陆圻三人告发有功，无罪开释。（当世普遍认为是吴六奇所救，但当事人在《查继佐年谱》里否认有此事，说：“葛如，方布衣野走，世传余有一饭之恩，怀之而思报。其实无是也。是则公在时已传其事，故公为之辨。”乾隆时诗论家吴骞在《拜经楼诗话》中也认为此传闻事不可靠。）三人和告发者吴之荣各得到庄允诚、朱佑明两家一半财产，范陆二人拒而不受，只有査继佐照收无误——《费恭庵日记》记述：“余亲见船舶慈感寺前，领来朱庄厨桌家伙约十余舟载去，转祸为福，真回天手段也。”。
同列参校的查伊璜非但未伤毫发，反而因首告有功，“与之荣同列赏格，分庄珑籍产一半”。《五石脂》记载，查继佐告密所得不再是庄家财产的一半，而是十分之一，加上“十余舟”的器物。“……同时以不列名而获免者，尚有四人……陆璘，查伊璜、范文白、陆丽京……伊璜名继佐，海宁举人……咸负文望，列名参订中。庚子书成颁布，三人以不相闻，于顺治十八年辛丑十二月，具呈学道胡尚衡，辨明其诬……之荣出首时，即谓庄胤成（即君维）、朱佑明、查伊璜等共造此书。至公庭质对，亦坚执伊璜等主笔。查以递过检明呈为词，吴复质其何不首督抚而独首学道。明系借此得赃名实两遂之计。查遂无词。囚禁者逾时，既乃密求于粤中总兵吴六奇，事始得解。先是满官督抚上本，俱依之荣口供，谓查系同谋造送。及吴为查营解，至定案时，遂一反其词。谓查三人，虽不比之荣之发觉，亦系首事之人，依律颁赏。故之荣荫袭拜他哈哈番，并给朱庄财产十分之一。查、范、陆亦得颁给器用什物。据《费恭庵日记》，谓曾亲见查等在慈感寺前领取朱、庄家具，约十余舟云。”（转载节录自《汉军旗旗人金庸对祖先的洗白运动》）
《明史辑略》被销毁。
后续发展
陆圻免死，看破红尘，从此云游，不知所终。
吴之荣立功复起，得到抄没朱佑明的家产，官至右佥都。
