国号
李自成带领大顺军攻入北京之后，以崇祯帝朱由检为首的建立在北京的明朝政权宣告覆灭。随后，清朝入关，建立了以北京为首都的清朝政权。当时的明朝陪都南京保留有六部、都察院等跟北京一样的政权机构，并以此建立了新的朝廷，对抗清军的入侵。新的朝廷历时18年，沿用了大明的国号，为与以北京为首都的明朝区分，又称“后明”。
当时的反清复明运动主要在南方展开，并且打着复兴明朝的旗号，所有的朝廷的政权都在淮河以南建立，因此19世纪中叶，被学者们称呼为“南明”，意味着对南明政权的尊重和重视。
年代划分
南明朝代时间的划分分为开始时间和结束时间。开始时间的划分时间有两种说法，一种是明崇祯十七年（公元1644年）三月十九日，即从李自成攻破北京，崇祯帝自尽为开始。史学家顾诚认为应从此时算起，因为北京的明朝廷虽然覆灭，但是明朝的政权还是控制着大半个江南。另一种说法是南明弘光元年（公元1644年）五月十五日，即从南京建立的弘光朝廷为开始。很多古代的史学家和现代的史学家，基本上都是以在南京建立弘光朝廷为南明开始的时间，他们认为只有朝廷的建立，才是政权的开始。如施建中主编的《中国古代史》中就采取这种说法。
而对于南明的结束时间则是有三种说法，分别是清康熙元年（公元1662年）六月一日，即永历帝及其子在昆明被杀为止，如司徒琳在《南明史》中就采取这样一种说法；康熙三年（公元1664年）八月四日，即李来亨茅麓山战役为止，如历史学家顾城就持这种爱国看法，他认为这个时候永历帝虽然早已被俘杀，但以明朝为正朔的夔东抗清复明运动仍在继续，他们有永历朝廷委派的全权代表，有相当可观的旗帜鲜明的军队，有地方政权维护和行使明朝的制度。第三种说法是康熙二十二年（公元1683年），即施琅进军台湾，郑克塽、刘国轩投降为止，柳亚子在《南明史纲·史料》一说中持这种说法。
建立背景
明朝内政
明朝后期，统治阶级对人民的剥削已经空前严重，皇室开支，中央机构的经费都在大规模的增加，而这些主要依靠赋税，为了能够保证经费开支，朝廷不断加大赋税，甚至掠夺百姓的田产据为己有，形成皇庄制度，致使大批良田荒废，百姓走投无路，民不聊生。
明朝实行宗蕃制度，对于亲王和君王的岁供异常丰厚，也导致百姓负担加重，田地被剥夺，苛捐杂税层出不穷。阶级内部的矛盾也日益加剧，更无暇顾及来犯的清军，加之天灾横行，百姓流离失所。水深火热中的人民开始了反抗之路，从西北揭竿而起的农民起义很快席卷全国。
农民起义
各地农民起义
崇祯元年（公元1628年），王嘉胤首先带领农民军在陕北谷县黄龙山起义，接下来汉南，阶州（甘肃武都县），安寨，洛川，延川，庆阳，神木，米脂等地纷纷举起了农民起义的大旗。从崇祯元年到崇祯三年起义军已经发展到了三四万人。农民军中的著名将领高迎祥，张献忠，马守应，罗汝才等都属于王嘉胤的部下。
李自成起义军
李自成是陕西米脂县人，早期在驿站当驿卒，后驿站裁员，变为无业人员，又被高利贷迫害，之后便带着侄儿投奔了军队。崇祯二年（公元1629年），李自成带领属下杀死了克扣军饷的参将王国，之后带着属下折回甘肃参加了高迎祥组织的农民军。
崇祯三年（公元1630年），王嘉胤被部下所杀，之后农民军推举右丞相王自用为首领，王自用牺牲后，高迎祥被推举为首领。之后，农民军在高迎祥，李自成的带领下取得了空前的胜利。之后由于受到官兵的围剿，高迎祥被俘后牺牲，李自成被推举为闯王。
崇祯十二年（公元1639年），李自成和部下突出重围之后，到达河南，河南境内灾荒遍地，饥民万千投奔李自成，拥护闯王。明朝统治者为了抵御入关的清军，对灾民增加赋税，导致民不聊生，河南境内的小市民，士大夫，举人，秀才等，也投入闯王的阵营，不到两个月李自成农民起义军发展到十万人。崇祯十六年（公元1643年），李自成带领农民军攻破开封后，挥师南下，先后攻克襄阳荆州等地，在襄阳建立“襄京”，自称“新顺王”，同年十月，攻克西安，改“西京”，建立国号“大顺”。
崇祯十七年（公元1644年），李自成带领大顺军从山西向北京方向进攻，并与三月十五日抵达居庸关。三月初得知消息的崇祯帝征调军队来北京勤王，但是并无军队前来。三月十八日，李自成带兵击破广安门，攻占北京。三月十九日崇祯帝朱由检在皇城内煤山自缢身亡，位于北京的明朝政权覆灭。
张献忠起义军
张献忠，陕西延安人，崇祯三年（公元1630年），参加农民运动。崇祯六年（公元1633年），张献忠攻入四川，攻克夔州等地；次年，张献忠再次入川，相继攻克大宁、大昌、巫山等数十州、县。崇祯十年（公元1637年），张献忠的大西军又分两路入川作战，分别攻克龙安（今平武县）、剑阁、绵州、安岳等州、县，包围成都20余日，杀明总兵侯良柱等。崇祯十一年（公元1638年），张献忠从湖北襄阳向四川进发，被官军包围。崇祯十二年（公元1639年），突出重围后在长江流域继续发动农民战争，与北方的李自成军队，分头作战。
崇祯十七年（公元1644年），张献忠攻克成都，改蜀王府正殿为承天殿，以府门外屋为朝房，十一月改成都为“西京”，订立制度，改革官制，国号“大西”。张献忠建东、西两府，赏给两个养子孙可望和李定国居住，并命臣属称他们为“千岁”。任命孙可望为平东将军，李定国为安西将军，刘文秀为抚南将军，艾能奇为定北将军。置丞相、六部以下官，汪兆麟为左丞相，绵州严锡命为右丞相。
历史
清军入关
明天启六年（公元1626年），努尔哈赤进攻明朝辽西的宁远时，战败受伤不久去世。皇太极继承汗位，就是清太宗。清太宗利用明朝政治的腐败和统治阶级内部的矛盾，收买官僚做爪牙。崇祯八年至崇祯十六年间（公元1635年—公元1643年），多次侵入长城以内。
崇祯十六年（公元1643年），顺治帝即位后，多尔衮与济尔哈朗发动了灭明的战争。清军到宁远后，被明朝总兵吴三桂领兵击退，清军不能前进。多尔衮于是想招抚吴三桂，遭到吴三桂的拒绝。次年三月，李自成大军逼近京城时，崇祯皇帝急令吴三桂率军到京师救援，三月二十日，吴三桂行至丰润（今河北省唐山市丰润区）时，得知北京陷落的消息后，立即退守山海关。四月十三日，李自成亲率大军前往征伐吴三桂，四月十五日吴三桂派副将杨坤及游击郭云龙赴多尔衮处议降，在约降之时，杨坤等人把农民军攻占北京及崇祯皇帝身死之事，一一报告给多尔衮。同时表示愿意开山海关迎接多尔衮，希望多尔衮能尽快出兵援救。
崇祯十七年（公元1644年）四月二十一晚上，吴三桂与清帅多尔衮拜天盟誓，吴三桂剃发归顺，导引清军进入山海关，二十二日，多尔衮大军出击，李自成大军溃败。
同年四月二十九日，李自成返回北京，在武英殿宣布即皇帝位，次日，便撤出北京，向陕西转移。与此同时，多尔衮与吴三桂自山海关南下，五月二日，多尔衮率清军进入北京城，在明皇宫武英殿接受明朝官员的跪降。九月，清顺治帝从盛京到北京，十月一日祭告天地，定都北京。
弘光南渡
明朝首都虽然被攻陷，但淮河以南的大部分地区仍然在明朝的管辖范围之内。崇祯自尽的消息传到南京之后，为了尽快恢复朝政，南京的六部官员展开了选帝的争辩。北京被大顺军攻陷后，位于河南王庄的福王朱由崧逃难至淮安，而位于北方王庄的潞王朱常淓则逃至南直隶。原南京兵部尚书史可法认为立潞王朱常淓，虽然朱常淓是明神宗皇帝的侄子，但是比神宗皇帝的孙子福王朱由崧贤能。史可法和时任凤阳总督的马士英达成一致准备支持潞王朱常淓，但是当时的的江北总兵高杰、黄得功、刘泽清、刘良佐为了争夺权利密谋迎接福王朱由崧进南京，最终马士英也倒向这一阵营。
明崇祯十七年（公元1644年）四月二十九日，福王朱由崧在史可法的陪同下到达南京。五月一日朱由崧进入南京，五月三日任监国，五月十五日正式继位为皇帝，年号弘光，弘光朝廷正式成立。朱由崧任监国后，任命史可法为东阁大学士兼礼部尚书；马士英为东阁大学士、兵部尚书、右副都御史、凤阳总督；姜曰广为礼部左侍郎；张慎言为吏部尚书；刘宗周为都察院左都御史。
混乱覆灭
史可法任职兵部尚书后，对弘光朝廷的混乱局势很担忧，提出整顿长江下游岗位体系的计划，并建立“四镇”。徐州由高杰驻守，管辖南直隶西北部黄河；凤阳由刘良佐驻守，管辖南直隶西部与中部淮河以南地区；庐州由黄得功驻守，管辖南直隶中部长江以北地区；淮安由刘泽请驻守，管辖淮安府。福王登基后即召马士英入阁辅政，三日后，史可法自请督师淮阳。
此后，马士英逐渐掌握朝政大权，并不顾群臣反对重新启用逆党官员阮大铖，导致大批“清流”官员辞职，政权落入阮马集团手中。马士英对弘光帝极尽讨好之能事，并为皇帝大肆选秀充斥后宫，挥霍无度，弘光帝也逐渐不理朝事。清顺治一年（公元1644年）六月宣布要统治中国本土，弘光朝廷于同年8月派出使臣左懋第、马绍愉、陈洪范前往北京与清廷议和。年底议和失败，只有陈洪范回到弘光朝廷，并于弘光元年（清顺治二年，公元1645年）一月向朝廷做了奏报。
弘光朝廷为了军费开支，卖官鬻爵，同时加上清顺治一年（公元1644年）干旱的天灾，迅速失去人心，最终激起左玉良军的叛变；二月，驻守徐州的高杰在睢洲被许定国杀害，许定国降清。四月，左玉良军沿九江而下，开启反叛之路，与此同时，清军进入河南向南进发，五月清军抵达扬州，炮轰扬州城，屠城十日，史可法被杀。
六月初，清军渡江成功，弘光帝带着太监和骑兵逃出皇宫，逃至庐州黄得功处避难，六月七日，清军进入南京，不久，刘良佐杀了黄得功，并将弘光帝带回南京。此后弘光朝廷残余官员推举潞王在杭州任监国。月初清军进攻杭州，明军不战而降，后福王、潞王被押解至北京处决，弘光朝覆灭。
隆武兴亡
弘光元年（清顺治二年，公元1645年）七月，杭州被攻破后，监国的潞王投降。唐王朱聿键在一众文武官员的支持下，前往福州准备建立新的政权。七月底，南安伯郑芝龙将唐王接入福州，进入福州的第二天，唐王就正式任职监国，二十天之后即皇帝位，年号隆武，福州作为临时首都，天兴府为政府名，福建布政使司为行宫。迎接唐王入福州，并拥立唐王登上皇位的郑氏家族均被委以重任封侯封伯，同时任命二十多人为大学士，入阁辅政，人数之多达到明朝之最。
南明隆武元年（清顺治二年，公元1645年），浙江被清军占领之后不久，清朝就开始颁布剃发换服令，这遭到了广大人民群众的激烈反对，因此而起的反清运动此起彼伏，反清运动日渐势大，原明朝兵部尚书张国维和官僚陈涵辉、宋之普、柯夏卿迎立在台州的没有降清的鲁王朱以海在绍兴出任监国，改明年为监国元年。
由于当时消息不通，隆武政权建立在前，鲁王监国稍后。隆武朝廷又得到了其它南明政权的支持，鲁王政权处于进退两难的境地，但是以张国维为首的鲁王政权的大臣也不愿放弃自己在鲁王政权下的职位，即使隆武皇帝朱聿键派遣使者前往绍兴，允诺鲁王政权的大臣到了隆武朝廷之后依然可以担任同等职位，也无济于事。之后，隆武帝派到是绍兴的使臣陆清源被鲁王手下义师将领方安国所杀，而鲁王派到福建的使臣陈谦被隆武帝诛杀。隆武政权和鲁王政权自此势如水火。隆武政权和鲁王政权的对立，大大削弱了明朝的抗清势力。
隆武元年（清顺治二年，公元1645年）秋，鲁王计划向西推进据点，但是被清军阻止，后退守杭州钱塘水域。隆武二年（清顺治三年，公元1646年）四月清廷任命博洛为征南大将军，博洛率军于七月中旬攻占浙江。十日方国安部瓦解，十三日绍兴失守，方国安在黄岩投降，鲁王在张名振的护卫下，流亡海上，鲁王政权瓦解。到永历七年（公元1653年）时，鲁王监国的名义被永历帝取消，后在台湾病死。还有一种说法是说朱以海逃出后，在很长一段时间内住在金门,郑成功待他相当恭敬。不久,郑成功的态度松下来，朱以海心中不满，要迁往南澳。郑成功派人将他沉人海中。
清军攻灭鲁王政权后，八月十三日，清军将领博洛率军进攻福建，十九日攻占天险仙霞岭（在今浙江省江山市保安乡境内），明将郑鸿逵不战而逃。八月二十七日，朱聿键逃至汀州（今福建省龙岩市长汀县），第二天，清军追击至汀州，汀州城破，朱聿键被俘当日即在汀州被杀害，清军进入空城福州。隆武帝的死亡还有其他说法，如黄宗羲在《行朝录》中称朱聿键在汀州被俘后因不愿受辱，于押送途中投水殉国。民国学者钱海岳在其所著《南明史》中记载朱聿键是被清军押送回福州关押后，在监狱里绝食而死。
两帝并立
隆武二年（清顺治三年，公元1646年）十月，朱聿键被杀后，永明王朱由榔在瞿式耜和丁魁楚的劝说下，在广东肇庆称监国。监国七天之后，赣州失守，司礼监太监王坤主张立即逃难，首辅丁魁楚随声附和，大学士瞿式相等力主镇定，也只推迟了四天。十月二十日，小朝廷逃往广西梧州。同年十一月初二日，隆武朝大学士苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华等在广州奉请隆武帝之弟唐王朱聿鐭监国，并在同月初五日正式称帝，改第二年为绍武元年。得知朱聿鐭即位得消息后，朱由榔在十八日宣布即皇帝位，改第二年为永历元年。
绍武覆灭
朱由榔称帝后，派兵部主事陈嘉谟等人前往广州，规劝朱聿鐭取消帝号，苏观生大怒，斩杀陈嘉谟等来使，同时派陈际泰督师攻打肇庆。永历帝派广东学道林佳鼎为兵部右侍郎总督军务，夏四敷任监军，会同从韶州调来的武靖伯李明忠带领一万多名士卒迎击。十一月二十九日，南明两个朝廷得内战正式爆发。此后一个多月，两个政权纷争不断，进一步削弱了明朝本就孱弱不堪的实力，从而给了清军可乘之机，不久，清朝署两广总督佟养甲、署广东提督李成栋率军从福建攻入广东境内，隆武二年（顺治三年，公元1647年1月20日）十二月十五日，广州沦陷，绍武政权覆灭，绍武帝朱聿镌自缢而死。
永历出逃
永历朝廷听闻清军攻陷广州，绍武政权覆灭后，永历帝再次离开肇庆，经过广西逃往湖南全州。永历帝逃至全州后，进入刘承胤的势力范围，后刘承胤降清，永历帝又从湖南沿小路逃回广西。
抗清高潮
明隆武二年（清顺治三年、公元1646年）八月，张献忠率大西军五十万北上抗清，李定国率领部众与清军交战，斩清军队长古朗阿、巴扬阿，但张献忠却不幸于十一月二十七日中箭而亡（张献忠之死有多种说法：第一，“兵败自刎”。如王夫之《永历实录》卷十四《李定国传》说：“献忠兵败，自刎死。”第二，“蜀中病死”。如清朝谷应泰辑《明史纪事本末·张献忠之乱》说： “献忠以病死于蜀中。第三，“被俘遇害”。如《蜀碧》说：“（刘）进忠指善射者章京雅布兰射之，一矢中喉。（献忠）拔矢视之日：‘果然大兵也！’逃伏积薪下，我兵得之，曳出，缚之……献忠临诛，犹怒目视其部下之降者。”第四，有人说张献忠死亡地点在盐亭县，如明末清初人吴伟业《绥寇纪略》卷十《盐亭诛》及《明史》持此说），张献忠死后军中大乱。孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇四将军在危难中收集残部保留了大西军的实力。四将军中李定国主张帮助南明，恢复大明江山，在李定国的坚持下，四将军设坛盟誓尊崇孙可望为首，联明抗清之势开始形成。
明永历元年（清顺治四年、公元1647年）四月，大西军开进昆明，平定沙定洲之乱，八月，四将军在昆明共同称王，其中孙可望称平东王，李定国称安西王，赏罚之事皆由孙可望决定。永历帝称帝后，孙可望与李定国矛盾加深，李定国固守云南，孙可望前往贵州，后刘文秀平定了川南，大西军又建立起以云贵为中心的新基地。
永历元年（清顺治四年，公元1647年）九月，何腾蛟麾下众将在全州击败带敌来犯的耿仲明，朱由榔才接受了何腾蛟的建议，来到桂林。后全州将领降清朱由榔又撤离桂林逃往南宁。同年李成栋在广州反正，派人去迎接永历帝进广州，但是瞿式耜极力劝说永历帝回到桂林，最终永历帝并未采取这两位的意见，而是经由梧州又重新回到了肇庆。
南明永历三年（清顺治六年、公元1649年），南明抗清将领何腾蛟、金声桓、王得仁、李成栋等先后战死。次年，清军攻占湖南、桂林，瞿式耜被杀，朱由榔逃到梧州又逃南宁，能够依靠的力量只剩大西军。永历五年（清顺治八年、公元1651年），朱由榔在孙可望的逼迫下封他为秦王，次年，孙可望派人将永历帝接到贵州安龙所，改名安龙府，大西军和永历政权联合抗清阵线正式建立。
之后，以孙可望为首的大西军开始了联明抗清的斗争，并取得了广西桂林和湖南衡州大捷。但是之后，南明的内部又开始了争斗，出于嫉妒，孙可望出手遏制李定国在广西的发展，李定国被迫转入广东作战，以避免与孙可望的摩擦。永历七年（清顺治十年，公元1653年）和永历八年（清顺治十一年，公元1654年），李定国分别进行了广东肇庆战役和广东新会战役，肇庆战役失利之后，李定国并没有气馁随后又准备了新会战役，并坚持了半年之久，对清军的进攻起到了遏制作用。之后，新会战役失败后，李定国将永历帝迎入云南，而后孙可望降清。
身死国灭
永历帝到云南后，改昆明为”滇都”，封李定国为晋王，刘文秀为蜀王，白文选为巩国公，所有大事都归李定国处理。孙可望投降后，告诉了清军大西军的情况，永历十三年（清顺治十五年，公元1658年）二月，清廷大军分三路进攻贵州，贵州沦陷，八月，清军开始进攻云南，十一月，清军攻破了李定国的罗炎、凉水井大营，然后大肆屠杀大西军和当地百姓，军民被杀的不下三、四十万人，大西军的精锐部队受到了致命损失。
十二月十三日，李定国退回昆明，李定国主张撤入湖南地区，如不胜可进入越南，召集东南亚诸国反清义士，航海到厦门和郑成功汇合共同进行抗清，但永历帝的臣僚多为云南人，不愿意离开家乡，勋臣沐天波、权臣马吉翔便力主退守滇西，一旦事急则逃入缅甸，永历帝表示同意。永历十三年（清顺治十六年，公元1659年）八月二十八日，朱由榔由滇西逃往缅北，此后南明在中国境内已无任何立足点。永历十四年（清顺治时期年，公元1660年），李定国、白文选亲自率军明军想要从缅甸将朱由榔迎回，但是使者被缅甸王莽白所杀。
永历十五年（清顺治十八年，公元1661年）三月，郑成功率领将士25000，分乘几百艘战船从金门出发，准备夺取台湾为新根据地。同年八月十二日，缅王以饮咒水盟誓为名，杀了跟随朱由榔的四十二名大臣和太监；十二月初三，缅王受到于压力，将朱由榔及家属送交清军带回昆明。永历十六年（清康熙元年，公元1662年）四月十五日，朱由榔父子及眷属25人在昆明篦子坡遭吴国贵用弓弦勒死；同年五月九日，郑成功在台湾去世；李定国得知永历帝已死，悲痛欲绝，六月，在其生日当天发病而死。
余部斗争
清康熙元年（公元1662年）十一月，郑成功的儿子郑经从厦门来到台湾接手郑成功的基业，名义上仍奉永历帝为正朔，继续沿用永历年号。清康熙三年（公元1664年）三月，郑经迎宁靖王到台湾监军。同年，清廷调动大军十万包围夔东十三家余部于茅麓山，八月五日，其首领李来亨全家自焚，明朝在大陆抗清的最后一支队伍最终被消灭。十一月，清荷联军攻陷金厦两岛，郑军撤回台湾。
康熙十三年（公元1674年）四月二十一日，耿精忠响应吴三桂发起的叛乱，以提供战船给郑经，换取出兵，郑经应允此事。五月，在授职世子郑克臧为监国，命陈永华辅政后，郑经从台湾出发，抵达厦门，郑经收复厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。后来，广东尚可喜、福建耿精忠相继为清军所平定，云南吴世璠亦败亡，郑经势力败退只能守住厦门。康熙十九年（公元1680年）正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻厦门，郑经派右武卫林陛督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战事失利后郑经率诸将回台湾。
清康熙二十年（公元1681年），郑经去世，遗命郑克臧嗣位，冯锡范毒害郑克臧拥立女婿郑克塽独揽大权。清康熙二十二年（公元1683年），清水师提督施琅大败刘国轩，攻克澎湖，同年延平王郑克塽降清，宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，全国最后一支抗清势力覆灭。
疆域
疆域变化
南明时期，政权更替频繁，加之清朝的进攻一直没有停息，在南明政权和农民起义军的抗争下，南明疆域不断的发生变化。南明时期战乱频发，除了农民军起义之外，还有清军的大肆入侵，疆域面积时有变化。
弘光朝廷疆域
南明的弘光朝廷建立以后，以南京和南直隶为据点，控制江淮，江南和西南的大部分地区。李自成被吴三桂和清军击败后，山东河南的大顺军政权也被瓦解，清军趁势南下招抚山东河南。除了李自成和清军的势力范围，张献忠带领的农民军也攻下成都，并占领成都的大部分地区，这导致南明的势力范围进一步缩小。
弘光二年（公元1645年），清军继续西进，占领了大顺军的都城西安，全面攻占陕西。随后又分三路进攻南明所在的江南地区，并迅速攻占了南京，南昌，芜湖，徐州，淮安等南明的势力范围。之后弘光朝廷溃败，弘光帝被俘，杭州、湖州、嘉兴、宁波等南明的重要据点也都被清朝占据。
隆武朝廷及鲁王监国疆域
隆武元年（公元1645年）六月十五日，唐王朱聿键在福州称帝，此时隆武政权的领土除福建、两广、云贵外，兼有湖南及安徽、江西、湖北的一部分。隆武二年（公元1646年）清朝继续派军队南下，攻占南明隆武朝廷的据点，同年9月，清军攻占福州。10月，江西全境被清军占领。鲁王政权建立后，控制的地方有浙东绍兴、宁波、温州、台州等地。
永历朝廷疆域
隆武二年（公元1646年）底，永历帝在肇庆任监国，后称帝。永历朝廷的据点抑制在变化，从肇庆到桂林、再到梧州，武冈、南宁、安龙、云南府。同年，清军再次派出李成栋和佟养甲从福建向广东进发，随后占领肇庆。次年，广东十府均被清军占领，同时湖南全境也被清军占领。
永历元年（公元1647年），张献忠被清军杀害，之后西南被清军占领。鲁王朱以海则从舟山退至厦门。之后朱以海率军亲征杀回福建，永历二年（公元1648年），一度收回福建大部分失地，随着江西、甘肃、山西等地开展反清复明的运动，到这一年十一月，明军收复了湖南大部分地区，陕西地区包括延安在内的十几个州县。
永历三年（公元1649年）清军展开全面的反扑，湖南，广西，江西全面失守。次年，清军先后攻陷韶州、广州；郑成功占据厦门和金门。永历五年（公元1651年），清军攻陷广东的雷州、廉州，广西的南宁，福建厦门以及浙江舟山。
永历六年（公元1652年），湖南大部被明军收复，广西梧州，桂林也被李定国收复，随后广西大部分地区落入清军之手。同年2月，吴三桂、李国瀚占领了四川大部分地区，随后刘文秀收复四川大部，不久又失去。永历十年到十二年（公元1656年-1658年），清军先后攻占广西大部，舟山岛；贵州，四川，重庆，并广西贵阳等地。永历帝逃亡滇西，南明云贵地区大部分归属清军。
行政区划
南明的行政区划沿用的是明朝的行政区划，采用的行省制。
明朝在全国设置十五个省级单位，包括：北直隶 、南直隶 、陕西、山西、山东、河南、浙江、江西、湖广、四川、广东、福建、广西、贵州、云南。其中北直隶和南直隶是作为都城存在的，所以这十五个省级单位也被称为“两京十三布政司”。南明时期，北方大部分疆域被农民军和清军占领，只有淮河以南区域属于南明朝廷的行政区域，并且随着战争的发生，不断改变。南明时期，延平郡王郑成功在台湾设立承天府，下辖天兴、万年二县，另设澎湖安抚司，号为“东都”，后郑经改东都为东宁，并于承天府之上再设东宁总制府。
主要据点
弘光帝时期
- 南京、南直隶
隆武时期
- 福州，建宁
鲁监国时期
- 绍兴、舟山、长垣、金门
永历时期
- 肇庆、桂林，梧州、武冈、南宁、安龙、云南府
人口
关于明代的人口，学者们有不同的推测，《剑桥中国明代史》中指出，明朝人口最迟在万历二十八年（公元1600年）就可能“已经达到 1.5 亿至 1.75 亿”，根据人口的增长速度推测明崇祯十七年（公元1644年）的明朝人口总量约为3.42亿、2.62亿或2.02亿。而葛剑雄、曹树基的《对明代人口总数的新估计》中指出，明万历二十八年（公元1600年）人口完全达到2.05亿的规模；葛剑雄推测清顺治十二年（公元1655年）明清之际人口谷底约为1.2亿人。而何炳棣著作集《明初以降人口及其相关问题1368-1953》中则指出明朝末年，人口大概为1.5亿，明清易代之时，死伤惨重，人口损失近半，清朝建国之时，人口大约为0.8-1亿左右。
政治
内政
各朝政治策略
弘光朝廷建立初期，史可法提出的大政方针为“亟召天下名流，以收民心。”兴修水利，减轻租税，颁布新的税法。后期马士英当权之后，卖官鬻爵，加大征税力度，导致民不聊生。
弘光朝的基本国策是借虏平寇，妄图通过联合清朝的势力来平定流寇叛乱，镇压农民起义，也正是这一国策使得弘光朝被清军的铁骑冲垮，最终瓦解。
隆武朝廷执行“御虏”方针，坚定的抗清诛杀清朝派来的大臣，御驾亲征，并且联合农民军抗击清军。并且提出了消除党争的政策，提出“用舍公明”的方针，整顿吏治 ，严惩贪污。
永历朝廷主要依靠各地的军阀实力，只是图一时的安稳。朱由榔继位之后，并没有知人之明，也不敢信赖瞿式耜、何腾蛟等人，永历继承了万历皇帝以来明朝的昏庸传统，信任宦官，宠爱锦衣卫，并将宦官培养成自己的羽翼。永历依赖宦官王绅等策划的“兴朝仪制”，政令有皇帝出，但是却事事假手于太监，太监可以随便任命大臣，导致大权旁落。永历帝因依赖各地军阀，让军阀坐地收税以保证军饷，各地军阀还可以任用官吏，干预朝政，导致出现各地称雄的局面。
外交
南明与清廷
弘光朝的基本国策是借虏平寇，想要联合清军的力量平定各地的叛乱，弘光朝廷选择与清廷议和。隆武朝廷时期，采取联合各地的抗清力量一致平虏，直至南明政权结束，南明朝廷与清廷始终处于对抗的状态。
弘光元年（1644年），弘光朝廷成立不久，清朝便宣布要统一中国，同年8月弘光派出使臣左懋第、马绍愉、陈洪范前往北京与清廷议和。目的有四点为要安葬崇祯帝及其他宗藩、给吴三桂封爵铁券，赔款，以山海关为界，关外土地给予清国、每年十万岁币。使臣进京后即被扣留，随后陈洪范降清，被派回给南明朝廷回话，议和失败。之后的南明朝廷和清廷始终处于对立的双方。
南明与安南
隆武二年（清顺治三年，公元1646年），安南遣使臣来福建隆武朝廷请封，并未尽如人意，反倒有一部分使臣被当时的攻占福建的清廷俘获。永历朝建立后，安南又派使臣前往永历朝所在的广西地区拜见永历帝，永历朝廷派出使臣跟随安南使臣一起，前往安南，并册封了安南后黎政权的太上皇为新的安南王。
永历二年（清顺治五年，公元1648年）永历帝驻跸南宁，安南至南宁入贡。之后，广州陷落，永历逃至南宁，后派遣使臣至安南请求出兵援助。同年十月又派遣使臣至安南册封后黎朝的执政郑梉为安南副国王。
清军的势力范围日渐扩大之后，安南开始对南明朝廷愈发冷漠，永历十三年（清顺治十六年，公元1659年），清廷攻陷云南之后，大军长驱直入，逼近安南边境，安南政权见势不好，放弃与南明的关系，与清廷建立宗藩关系。
南明与日本
日本一直需要中国的货物，并且想要跟中国保持贸易往来，但是明朝政府一直不准余日本进行贸易往来，除了朝贡制度。16世纪末，17世纪初，日本的国内战争使得日本很多武士远渡重洋来到中国，这些武士能征好战，使得这些武士成为南明政权联合抗清的力量。
当时日本的少数家族与中国的贸易获利丰厚，致使德川幕府也对月中国的贸易颇感兴趣，并指定长崎为对外贸易的口岸，后日本为了防止基督教传播，制定了严格的海上排外政策，中日官方关系终止。
但南明时期，隆武朝廷及鲁监国仍有不少将领为了抗清而向日本寻求帮助。隆武元年（清顺治二年，公元1645年）隆武朝廷的均是支柱郑芝龙派代表前往长崎，次年，周鹤芝派人向日本请求军事支援。永历元年（清顺治四年，公元1647年）周鹤芝再次向日本请求支援，日本岛津家族提供了大量的钱币但是未曾提供军事援助。
南明与琉球
南明小朝廷建立之初，琉球视南明为中国的正统政权，双方保持者良好的宗藩关系。从崇祯十七年（公元1644年）五月至监国鲁王四年（清顺治六年，公元1649年）五月，琉球与南明继续保持官方往来。琉球分别以请命册封、请求贸易、庆贺登极、奉进龙香和护送颁诏使回国等名义，先后向弘光、隆武和监国鲁王政权六次派遣使臣。南明弘光帝、隆武帝、监国鲁王也曾给琉球颁诏，让其使臣携带回国。监国鲁王四年（清顺治六年，公元1649年）九月，清廷命通事谢必振为“招抚使”，随同琉球国使臣金思德等六人及滞留在福建的琉球其余人员，一同前往琉球国。同年十一月，琉球国世子尚质遣使到北京，进呈“投诚表文”，南明与琉球的朝贡关系终结。
南明与缅甸
南明永历皇帝在永历十三年（清顺治十六年，公元1659年）通过铜壁关，进入缅甸境内避难，开启了南明永历朝与缅甸的外交关系。永历帝在缅甸前期，因有李定国等大军在缅甸东境，永历帝获得了缅甸政府的善待，随着李定国等人的军队节节败退，外围无法策应、保护永历帝，缅甸政府对永历帝的态度也发生了变化。到永历十五年（清顺治十八年，公元1661年）五月二十三日，缅甸国王的弟弟莽白在群臣支持下发动宫廷政变，处死了莽达，自立为王。新任国王莽白对永历帝的态度急剧恶化，甚至随行官员也被屠杀。永历十五年（清顺治十八年，公元1661年）正月初六日，缅甸国王莽达派遣使者到云南，提出以交出永历帝为条件请清军合攻李定国、白文选部明军；十一月，吴三桂率军入缅甸索求永历帝，十二月初三，缅甸把永历帝送到清军大营，自此，缅甸与南明的来往终止。
南明与欧洲教廷
永历元年（清顺治四年，公元1647年），南明朝廷得到了葡萄牙澳门当局的承认和支持，葡萄牙通过当时的耶稣会士与南明开展合作。南明朝廷得到了尼古拉·费雷拉率领300葡萄牙士兵北援助，因为此次援助，使得南明朝廷在守卫桂林的战役中取得了胜利。
永历三年（清顺治六年，公元1649年），永历皇帝派使节向罗马教皇求援，西洋在华传教士卜弥格与南明官员陈安德一起前往罗马，卜弥格携带南明皇太后写给罗马教皇、耶稣会会长德两份信件，另外宫中太监庞天寿也写了多份信件致欧洲各国首脑。南明皇太后在信中表示南明宫廷从皇太后、皇后、太子均以受洗入教，承诺获得稳定政权后会在中国传播天主教。永历六年（清顺治九年，公元1652年），卜弥格和陈安南到达意大利，在意大利逗留三年仍未受到答复，直到永历九年（清顺治十二年，公元1655年）新任教皇亚历山大七世时，两人才得到教皇接见，并拿到了教皇与耶稣总会长给皇太后的回信。随后，两人又到葡萄牙首都里斯本觐见葡萄牙国王约翰四世，约翰四世答应给南明政府军事援助，但当时葡萄牙已与清朝开始了正常外来，陈安南前往澳门的求助时被葡萄牙殖民当局禁止，最后陈安南带着外交信函回云南时永历帝已经逃亡缅甸。
军事
军事编制
弘光朝时期，史可法把驻守南京的军队，从北方南下的高杰，刘泽清，黄得功军队实行统一的制度，裁撤掉无用的职位，设立京营府卫制度，将所有的兵权集中到中央，并号召四方义师保卫京师，北伐复明。
设四镇：高杰为兴平伯驻守徐州、泗州地区；刘良佐封广昌伯镇守凤阳、寿州地区；刘泽清封东平伯，镇守淮安、扬州地区；靖南伯黄得功加封侯爵，镇守滁州、和州一带，史可法设四镇意在保住江南。 温睿临《南疆逸史》卷四十九史可法四镇实行开垦屯荒制度，解决军饷问题，避免军队掠夺百姓。
监国鲁政权主要军事力量为方国安部、王之仁部、张名振部。隆武政权主要军事力量为郑芝龙部、何腾蛟部（荆湘十三镇）、忠贞营（大顺军余部），永历政权前期主要军事力量为“东勋”（李成栋部、瞿式耜部），”西勋”（陈邦博部），后期主要军事力量为大西军余部改编的明军以及郑成功部和夔东十三家。
军费开支
弘光政权时期，虽然军事上没什么成绩，但是军费却一点也不少。建立江北四镇时，规定每镇额兵三万，每年供应米二十万石，银四十万两，合计一镇岁饷六十万两，四镇合计每年二百四十万两。楚镇兵五万余，军费一百八万，京营六万，军费一百二十万，其余八镇兵力合计12万，军费二百四十万。四镇、楚镇、京营及八镇饷银就达到了700多万。
抗清战役
弘光政权
- 扬州之战
- 建昌、抚州之战
监国鲁政权
- 杭州之战
- 浙东明军抗清之战
- 舟山之战
义军
- 吴志葵、黄蜚攻苏州之战
- 江阴之战
- 吴江之战
隆武政权
- 婺源之战
- 绩溪之战
- 吉安之战
- 赣州之战
- 汀州之战
- 泉州之战
永历政权
- 明军收复广西之战
- 明军失江西之战
- 同安之役
- 李锦攻长沙之战
- 明军失湖南之战
- 姜瓖大同反清之战
- 道州、桂林之战
- 明军失广州之战
- 南溪漳浦之战
- 长泰漳州之战
- 保宁之战
- 李定国攻桂林之战
- 李定国攻衡州之战
- 李定国攻新会之战
- 郑成功攻舟山之战
- 刘文秀攻常德之战
- 第一次厦门、金门之战
- 郑成功首次北伐之役
- 郑成功第二次北伐之役
- 郑成功第三次北伐之役
- 磨盘山之战
- 第二次厦门、金门之战
- 郑成功收复台湾之战
- 茅麓山之战
经济
货币
南明朝廷在经济上使用的是自己铸造流通的货币。弘光朝廷于弘光元年（公元1644年）十月，铸造了通用的货币为“弘光通宝”，弘光通宝有小平钱和折二两种，文字采用的是楷书。隶书这两种字体。钱的北面印有凤，贰，星纹，其中凤字钱是在凤阳铸造的。弘光朝廷覆灭之后，鲁王监国并与次月开始铸造“大明通宝”，大明通宝的背面印有户、工、帅等字。同年，唐王建立隆武政权，铸造了”隆武通宝“的小平钱和折二钱，其中铸造的小平钱有铁制的钱，但是数量较少。折二钱则全部是铜钱。永历朝廷因为存在的时间较长，铸造的货币种类较多，总共有四种：小平钱、折二钱、折五钱、折十钱。
永历通宝不仅种类多，特点也比较突出。首先背文复杂，小平钱后面铸有各种各样的字，这些字还可以组成一句话。其次，字体上面的书法比较多样，有楷书、行书、草书、篆书四种。最后，永历通宝的钱币规格也不统一，钱币的直径从2.4cm-4.5cm的都有。
贸易
南明时期，对于海上事务的政策非常漠视，海上贸易空缺，后有擅长海战的郑成功填补了空缺。南明沿海与东亚、东南亚之间贸易来往密切，有很多百姓从事海上贸易活动。南明的的海军多是与海盗商人合作，熟悉海上贸易的海盗商人，在这期间收获颇丰。这种海上贸易在澳门，马尼拉，长崎口岸非常兴盛。但是明朝政府官方规定，不准与日本进行贸易往来 。
文化
文学
三大思想家
王夫之、顾炎武、黄宗羲为明末清初的的三大思想家。
王夫之的主要思想是朴素的唯物主义思想，王夫之思想的核心是本体论。他的的著述存世的约有73种,401卷，散佚的约有20种。主要哲学著作有:《周易外传》《周易内传》《尚书引义》《张子正蒙注》《读四书大全说》《诗广传》《思问录》《老子衍》《庄子通》《相宗络索》《黄书》《噩梦》《续春秋左氏传博议》《春秋世论》《读通鉴论》《宋论》等。
顾炎武的主要主张为“博学于文”，“行己有耻”，强调万事万物都应深究其原委，曾经提出提出“保天下者，匹夫之贱，与有责焉耳矣”的名言，代表作有《日知录》《天下郡国利病书》《肇域志》《音学五书》《韵补正》《古音表》《诗本音》《唐韵正》《音论》《金石文字记》《亭林诗文集》等。
黄宗羲曾提出“天下为主，君为客”的民主思想，主张以天下之法取代皇帝一家之法，来保证百姓的基本权利。一生著述多至50余种，300多卷，其中最为重要的有《 明儒学案 》《 宋元学案 》《 明夷待访录 》《 孟子师说 》《葬制或问》《破邪论》《 思旧录 》《 易学象数论 》《 明文海 》《 行朝录 》《 今水经 》《大统历推法》《 四明山志 》等。
诗歌
南明时期，战乱频发，江南的大多数文人，都奋起抗清，成为抗清志士，这期间也有大量的诗歌产出，但是作品大都经过不同程度的删减和禁毁。
南明的诗歌最大多数是在诗人流亡的过程中流传下来的，诗歌比当时的其文献资料更能真是的记载了当时人的思想和情感。南明时期的诗歌多以绝命诗、殉国诗、军中诗及漂流海上诗为主，被誉为悲伤文学。其中以绝命诗更为盛行，代表诗人有：刘宗周、瞿式耜、张煌言等。
其他文学形式
南明政权存在时期，也是清朝政权的初期，所以对于这一时期的文学形式，大都是以明末清初来作为时间的界定。这一时期出了诗歌这种文学形式之外，还出现了小品文，时事小说，时事剧，白话短篇小说，戏剧等文学形式。小品文的代表人物是张岱，张岱的小品文代表作为《扬州瘦马》《陶庵梦忆》《西湖梦寻》《琅嬛文集》等。
时事小说是以史为鉴，主取材自当下真是的历史事件，用简单通俗的叙事，议论语言，将文人的忧国忧民的情绪和自我感伤的情绪融合到一起。时事小说的代表作有《辽海丹忠录》《颂天胪笔》《酌中志略》《寇营纪略》《甲申纪事》等。时事剧同样反应了当下的历史事实，但是跟时事小说不同的是，时事剧的事件重于角色。时事剧的代表有以下几种：魏阉乱政类剧作主要有清啸生《喜逢春》、袁于令《瑞玉记》、高汝拭的《不丈夫》等；写战乱主要有陈显祖《莲囊记》、陈德中《赐剑记》、吴大震《龙剑记》、李玉《万里圆》、路迪《鸳鸯绦》等；写明末农民战争、市民运动等社会混乱矛盾激烈爆发的有丘园《蜀鹃啼》、佚名《铁冠图》、李元玉《两须眉》、沈嵊《息宰河》、蔡东《锦江沙》、李玉《万民安》、佚名《蕉扇记》等。
白话短篇小说主要是揭露社会的黑暗和人性的丑陋，着力表现世风堕落。陆人龙的《型世言》、东鲁古狂生的《醉醒石》、金木散人的《鼓掌绝尘》、薇园主人的《清夜钟》等。
明末清初时期戏剧舞台创作也相当活跃，代表人物有阮大铖等，主要以写传奇故事为主，用搞笑逗乐来表现悲喜交加。代表作有《石巢传奇四种》。
宗教
南明是明朝的延续，继承了明朝的文化传统，弘扬士大夫文化，并且对宗教的发展持有比较包容的态度。南明时期，实行天主教，佛教，道教三宗教并行的宗教政策，其中因为抗清的原因，天主教的发展较为显著。
天主教
明朝中后期，欧洲大航海时代开启，天主教在欧洲的霸权地位被动摇，天主教开始在海外拓展生存空间。明嘉靖二十年（公元1541年），耶稣会传教士沙勿略被罗马教皇派遣来华传教，此后天主教在华一直推行，明朝灭亡时期，天主教的传教活动也一直在进行。
南明政权建立期间，曾在明朝做过官员的传教士倒向南明政权，当时的天主教总部设置在澳门，传教士们也希望南明政权可以继续允许他们的传教活动，而南明政权则通过传教士求助西方的军事力量来抵抗清军。
南明后期，永历政权时期对于天主教的信奉达到了高潮，有很多官员也信奉天主教。比较有代表性的有瞿汝夔、瞿式耜、焦琏、庞天寿。其中瞿式耜经历了前明崇祯、弘光、隆武和永历四朝，后期一直是南明政权的国事掌门人之一，也是拥立朱由榔的永历重臣之一。传教士不仅向永历朝廷传教，还向永历朝廷提供军事力量，永历元年（清顺治四年，公元1647年），永历政权在桂林战役中大败清军，主要是传教士向澳门葡萄牙当局求得的士兵和大炮的支援。
佛教
佛教在明朝处于稳定发展的阶段，明初明太祖朱元璋曾经是“和尚”的身份，所以佛教在明朝平稳发展，南明时期也是如此，但是也并没有更多大的成就。南明时期比较知名的当属隐元隆琦，复兴了福建福清黄檗山万福禅寺，并以此建立了黄檗山教团，开创黄檗派，之后又东渡日本创立了新的宗派：黄檗宗。
道教
南明至永历时期，政权逐渐南移，广西地区的桂西土司在当地以土酋自居。明代的中央王朝的管理与教化使得土司开始转变身份成为“汉人绅士”。随着儒学在桂西土司社会的推行，道教也随之传入桂西。
道教在桂西实现了自上而下的全面推广，桂西的壮族几乎人人都是道教的信徒。道教的传入同时也给桂西带去了汉字书写的大量经书。并将道家和文字推广进普通百姓的家中。
